接着，会上讨论了这次起义的组织机构，通过与会者的公议，总指挥孙中山宣布命令，任命郑士良为前线司令官，杨衢云为财务部长，平山周为外交部长。
有关日本志士的行动计划，宫崎滔天作了汇报。
“我们在北九州一带组织了三百多名日本义勇军，当起义开始时，立即投入战斗，夺取广州湾里的清军军舰，其火力具有压倒性的优势，即使起义地点改至惠州，这个计划也照常进行。是否妥当，请总指挥定夺。”宫崎滔天本已魁梧奇伟，如今挺直身板站在那里更显得雄武高大。
“那末，有关经费问题是否已经解决？”孙中山问。
“请总指挥放心，我们已经获得日本财阶的贷款，经费不成问题。”
“既然如此，请照此执行吧。”孙中山下令。
“是！”宫崎滔天高喊一声后，当即坐下。
孙中山满意地笑了笑，转向平山周。
“台湾方面有何进展？”
“经与台湾总督协商，他答应起义发动后，将向起义军提供武器弹药，我的意见，是否请总指挥亲自出面与他商定，他也有这个意思。”平山周向来心细如丝，办事一丝不苟，孙中山对他十分欣赏。
“看来我必须到台湾走一趟。”孙中山平静地说道。
会议结束后，司令官郑士良迅即赶往惠州，在三洲田附近率领起义军日夜操练，等待军火到来伺机发兵起义。
梅屋庄吉得悉起义地点改至惠州的命令后，立即组织人马将武器弹药秘密转运到惠州三洲田前线一带待命。
1900年10月6日，郑士良见时机已成熟，即于当夜在三洲田举兵起义。他行兵布阵机变如神、避实击虚步步为营，率领起义军勇猛作战，力克新安县后挥师东进，受到民众热烈欢迎。人们送衣送饭、锣鼓喧天以示庆贺。有的还送夫送子加入义军，队伍不断扩大，曾一度达到两万余人。
随着战事的发展，武器弹药的供应就日趋紧张，郑士良不得已向总指挥发报求助。
孙中山在军事会议之后立即返回日本处理紧急事务，见前方供应吃紧，即刻坐船到台湾欲面见总督，商讨支援武器弹药之事。不料，日本政权发生变化，内阁更迭后，新内阁一反常态，禁止向起义军提供军援，禁止日本军人参加起义军，同时还禁止孙中山的革命党人进入台湾。
孙中山在台湾得知这变故后立即召开会议商讨对策。
“出尔反尔,朝令夕改,台湾总督还有何诚信可言！”山田良政当即拍案而起。他曾在北海道海带公司上海分店谋事，在那里结识了孙中山，从此走上了援助中国革命的道路。
“山田君息怒，台湾总督言而无信固然令人气愤，但当下最重要的是如何应对这个局面。前方战事如火如荼，军火物资却供应不上，最终必将弹尽粮绝、道尽途穷。”孙中山的心思早已飞向前方，这是他必须处理的当务之急。”
宫崎滔天坐在桌旁，双眉紧蹙一言不发，一双粗壮的大手青筋隆起，看得出来他正在以极大的毅力克制着自己的情绪。
“总指挥，有句话不知道当讲不当讲？”宫崎终于平静下来，厚貌深情地盯着孙中山问道。
“宫崎君，请说不妨，放到桌面上讨论，集思广益嘛。”孙中山将身体转向宫崎，以鼓励的目光看着他。
“据前线来报，虽然军事行动进展神速，但清军的抵抗力量也不能低估，眼下队伍已遭到围攻，形势十分危急，原本以为武器弹药可以得到补充，现在看来希望落空了，这个仗无法再打下去。为了保存实力，我的意见是尽快撤出战斗。”宫崎说完后长舒一口气，显得很轻松的样子，看来他是下了很大的决心才说出这番话的。
会场里的空气凝固了，安静得可以听见对面人的呼吸声，大家的目光聚集在孙中山的身上。撤出战斗就意味着起义失败，几年的努力前功尽弃；继续强撑下去胜算极少，数百将士将战死沙场。这是取舍两难的抉择，孙中山自然感到肩上的压力。他静思默想之后，忽地一下站起来，情绪十分激动。
“诸位，古人云，留得青山在，不怕没柴烧。事已如此，保护革命的火种是当务之急，所以我决定，命令队伍撤出战斗，就地解散。只要这支队伍在，革命一定会成功！”孙中山站立在会议桌前，眼里饱含着泪水久久不肯坐下，似乎在向前线的将士致敬，向在座的战友致歉。
此时，郑士良的队伍正在浴血抵抗，通讯联络十分困难。孙中山也在为命令无法及时传递下去而发愁。山田良政站了起来。
“总指挥，如此重要的命令，必须以手令的方式传达，否则容易造成误解。我建议，请总司令立即书写手令，由我送到前线交给士良兄。”
孙中山点了点头，深情地看了一眼山田良政，立即在一张白纸上写下这样的句子：“政情忽变，外援难期，即至厦门，亦无所为。军中之事，请司令自决进止。”
当晚，山田良政带着孙中山的手令，在一名向导的引领下向惠州进发。数日后，在一片树林里找到了郑士良，立即将孙中山的手令交给他。郑士良反复读了好几遍，最终仰天长叹，不得不遵令解散起义军，自己则带着少数骨干退至香港。
山田良政完成任务后立即向大本营退去，行至虎头山时遇到清军围攻，壮烈牺牲，年仅三十二岁。他是为中国革命而牺牲的第一位日本志士。
孙中山得知这一消息后悲痛欲绝，后撰文称：“……其人道之牺牲，兴亚之先觉，身虽殒灭，而志不朽。”
梅屋庄吉始终在香港密切关注起义的进展，在得知起义失败后痛心疾首。但是，他对孙中山果断作出撤出战斗的决定十分钦佩。他跟身边的人说，这次失败主要是军援没有及时跟上，说明革命者及其支持者财力还不够强大，只要大家以饱满的热情蓄势待发，孙中山领导的中国革命一定会取得胜利。
